EmulatorX VSTiをFLStudioで利用するにはちょっと難がありましたので報告です。
EmulatorX VSTiのChannelはCPUやチップセットに関係なくmp3・wavレンダリング時に一定の間隔で音が途切れる現象が発生します。CreativeMediaも確認済みということらしいです(自分がCreativeに確認したわけでないしCreativeが確認したというソースはないのですが…)。

FLStudio上でEmulatorX音を鳴らすことはできるので、FLStudioのMixerについているRECボタンで録音するとwavにはできるみたいです。従って、現段階ではFLStudioでEmulatorXを扱うのであれば以下のようなリアルタイムレコーディング手順がよいかもしれません。

１．作曲・打ち込みをする
２．EmulatorX VSTのChannelをFX○○(○は数字です。好きなポートを使用して下さい。EmulatorXを複数起動して、複数のFX○○ポートを使っても大丈夫です。限界は各PCのスペックによる)
３．レンダリング時にMixerのOUTでMasterを選択した状態でRECボタンを押してファイル名を決める。
４．レコーディングボタンをONにする。再生停止ボタンの横です。ONにするとオレンジ色で点灯します。
５．Songモードで再生ボタンを押す。
６．曲の最後までいったら、停止ボタンを押す。
７．FX毎のWaveファイルとMasterのWaveファイルができるのでMasterが完成品になります。
８．mp3にしたい人は録音したWaveファイルを新規プロジェクトで配置して、File>Export>Mp3でお好みのレンダリングをどうぞ。

PCパワーの関係で複数のチャンネルと同時鳴らすと音がうまく鳴らないなどの場合にはEmulatorXのChannelだけをSoloで鳴らして、MixerのOUTでFX○○を選択するなど、FX○○小分け録音しましょう。小分けに録音したオーディオチャンネルとEmulatorXを入れ替えて、File>Export>Mp3を実施するとよいでしょう。入れ替えるときはEmulatorXのChannelはMuteするだけで、実際に消したりしないようにした方がいいと思います。あとでピアノロールとかで変更できなくなっちゃいますよ。

とりあえず、('A`)ﾏﾝﾄﾞｸｾｰですが、当面はこれで我慢しましょう！
現在CreativeMediaとHookUpに本件、障害について連絡し、今後の対応についての回答を待っている状態です。何かわかりましたら、また記事を書きます。

双方の会社が歩み寄ってくれるとよいですね。