Creativeから回答が来ていました。回答メールをそのまま掲載すると、Creativeの宣言している権利を侵害することになるそうなので、よねっとが要約して、記事を書きますが

EmulatoX VSTiを使った場合のFLSturdioでのレンダリングにおける不具合
・E-MU本社開発でも本件問題を確認できている。
・今後のバージョンアップで対応する予定だ。
・それまでは、やはりリアルタイムレコーディングにて対応して頂きたい。
・いつ対応されるかは未定だ。
・リアルタイムレコーディングの品質を向上するにはEmulatorXのMenuバーにあるPrefarenceよりUse Optimal Buffer Sizeのチェックを解除し、手動で値を調整することが最善の方法です。
基本的にはチェックを解除しなくても動作しますが、ASIOのレイテンシーの設定に最適なバッファーサイズにならない場合があって、音が途切れたりすることがあるようです。その場合にだけバッファーを大きくしたり小さくしたりして最適な状態を探ってみて下さい。大きすぎても負荷がかかるし、小さすぎては音が鳴らないとそんなファクターです。

ということなので、暫くは使い勝手が悪いですが、我慢しましょう。